Monitoraggio SARS-CoV-2 in acque reflue urbane

• Nessun dato può essere interpretato da solo: tutti i dati relativi ad un singolo campionamento devono essere messi in relazione ai dati precedenti e a quelli successivi (dinamica della curva), perché per sua natura il campionamento può essere influenzato da numerose variabili.
• Non è possibile dalle analisi del refluo stabilire se il segnale debba essere attribuito ai nuovi infetti o a persone che hanno già passato la fase critica, ma che continuano ad emettere il virus.
• L’analisi dei reflui può essere utilizzata come early-warning per la sorveglianza del SARS-COV-2, come possibile strumento per il controllo della circolazione del virus nella popolazione.
• L’analisi dei reflui può essere utile a monitorare la diffusione del virus in una determinata popolazione, portando diversi vantaggi rispetto alla ricerca dei virus nei singoli individui (costi ridotti, velocità della risposta e metodo non invasivo). 
• La curva della concentrazione dell’RNA ⁽¹⁾ di SARS-CoV-2 nei reflui anticipa di diversi giorni la diffusione del virus rilevata nei cittadini, che afferiscono al singolo depuratore.

Nota 1: L’RNA è il materiale genetico del SARS CoV-2, che contiene tutte le informazioni per la moltiplicazione del virus nelle cellule del suo ospite.

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Nelle acque reflue sono presenti quantità molto elevate di cellule di batteri e di virus, che popolano il tratto intestinale umano e che vengono espulsi con le feci. Per poter effettuare le analisi è necessario concentrare il campione in laboratorio per estrarre tutto il materiale genetico in esso presente. Il volume iniziale del campione prelevato è di 50 ml, che corrisponde ad una grande provetta, da cui si ottiene il materiale genetico concentrato in 0,1 ml (una goccia). In questa miscela di DNA ed RNA molto eterogenei di provenienza batterica, virale, umana si cercano alcune sequenze geniche dell’RNA⁽¹⁾ relative a proteine specifiche del Coronavirus SARS-CoV-2 attraverso la tecnica della real-time RT-PCR ⁽²⁾. L’intensità del segnale è in correlazione con la concentrazione dell’RNA, e quindi del virus in circolazione tra la popolazione.

Nota 1: L’RNA è il materiale genetico del SARS CoV-2, che contiene tutte le informazioni per la moltiplicazione del virus nelle cellule del suo ospite.

Nota 2: La real-time RT-PCR è una tecnica che consente di sintetizzare una molecola di DNA a doppio filamento  a partire da uno stampo a RNA (trascrizione inversa, RT). Successivamente il DNA è amplificato da reazioni a catena di un enzima chiamato DNA-polimerasi. Dopo ogni ciclo di amplificazione, la quantità DNA raddoppia, diventando “visibile” allo strumento e quantificabile in tempo reale durante la reazione. Il corredo genetico del SARS- CoV-2 è un filamento di RNA, per questo motivo è necessario il passaggio di retrotrascrizione.

• Trasporto dei campioni dal punto di prelievo al laboratorio, in condizioni di temperatura refrigerata.
• Aggiunta ai campioni di un virus di controllo per verificare l’efficienza di recupero del materiale genetico dal campione.
• Concentrazione del campione da 50 ml a 0,1 ml.
• Estrazione del materiale genetico (RNA) ⁽¹⁾
• Amplificazione (moltiplicazione) in RT-qPCR ⁽²⁾ del gene ORF-1ab (nsp14) del virus SARS-CoV-2 e amplificazione parallela del virus di controllo per il calcolo dell’efficienza di estrazione.
• Esito: presenza/assenza di SARS-CoV2 nei campioni e quantificazione relativa.
• Elaborazione dei dati entro 48h dall’arrivo dei campioni in laboratorio.

Nota 1: L’RNA è il materiale genetico del SARS CoV-2, che contiene tutte le informazioni per la moltiplicazione del virus nelle cellule del suo ospite.

Nota 2: La real-time RT-PCR è una tecnica che consente di sintetizzare una molecola di DNA a doppio filamento  a partire da uno stampo a RNA (trascrizione inversa, RT). Successivamente il DNA è amplificato da reazioni a catena di un enzima chiamato DNA-polimerasi. Dopo ogni ciclo di amplificazione, la quantità DNA raddoppia, diventando “visibile” allo strumento e quantificabile in tempo reale durante la reazione. Il corredo genetico del SARS- CoV-2 è un filamento di RNA, per questo motivo è necessario il passaggio di retrotrascrizione.

Tra le persone infettate dal virus, solo quelle sintomatiche si rivolgono di norma al sistema sanitario per sottoporsi a test e vengono pertanto notificate, mentre molte persone con sintomatologia lieve o assente sfuggono al sistema di tracciamento. Tutti però fanno uso dei servizi igienici, e quindi qualsiasi emissione di virus finisce nelle acque reflue e attraverso il sistema fognario viene conferito ai depuratori. Analizzare le acque in ingresso ai depuratori significa poter monitorare la circolazione del virus.